Née en 1950 à Gênes dans une famille modeste – son père travaille sur le port et sa mère fait des ménages – Giovanna Puggioni se passionne très vite pour l'art. Elle soutient en 1972 sa thèse de Laurea en Histoire de l'art médiéval, tout en suivant des cours à l'Ecole des beaux-arts de Gênes, où elle pratique notamment la sérigraphie.
En 1974, de retour d'un voyage à Istanbul avec un groupe d'amis, elle rencontre dans le train qui la ramène à Gênes, Christian Lebrat. Ils se marient l'année suivante, et vont désormais partager leur vie entre la France et l'Italie. En 1975, ils réalisent ensemble Trois petits tours et puis s'en vont, premier essai filmé sur les marches du sanctuaire menant à la basilique de San Luca (Bologne). En 1976, elle réalise son premier film en solo In/Contro/Luce, long panoramique en noir et blanc dans la forêt de Saint-Germain en Laye.
Jusqu'en 2015, année de sa disparition, Giovanna Puggioni, tout en enseignant la langue et la culture italienne aux enfants d'immigrés italiens à Paris, puis l'Histoire de l'art dans sa région natale, réalise plusieurs œuvres.
En 2024, deux films montage-caméra sont redécouverts dans les archives laissées à sa disparition et viennent compléter sa filmographie : Le Déjeuner sur l'Herbe, filmé à Camoglie en 1992 avec ses élèves, puis Iris, filmé avec sa fille en 1997 dans le bourg médiéval de Triora. Plusieurs autres essais en vidéo restent inédits et sa filmographie s'achève avec V4 (It could happen to you), vidéo réalisée en 2009-2010 avec Christian Lebrat.
En 1983, elle crée avec Christian Lebrat et l'historien du cinéma Prosper Hillairet, l'association puis les éditions Paris Expérimental, dont elle sera un soutien sans faille tout au long de sa vie.