Morgan Fisher est né en 1942 à Washington. En 1964, il est diplomé en Histoire d'art moderne au collège d'Harvard et en réalisation de films à l'UCLA et à USC de Los Angeles.
Entre 1968 et 1973, il travaille à Los Angeles comme monteur, puis de 1973 à 1974, il est assistant de production et s'occupe de montage du film Zoopraxographer de Thomas Andersen. Il enseigne à Brown University au California Institut of the Arts.
C'est entre 1968 et 1984 qu'il réalise le plus grand nombre de ses oeuvres filmiques.
En 1989, The American Museum of the Moving de New York lui a consacré une rétrospective. Il a par ailleurs depuis 1983 exposé de nombreuses installations (dessins, peintures, vidéos, films).
